南阳市食品药品检验所始建于1967年4月，由南阳专员公署卫生处报请专署编委以（66）编办字11号文件批准成立，建所在中州路公疗门诊部院内，名称为“南阳专员公署卫生处药品检验所”，编制5人。 1976年，改称南阳地区药品检验所，编制增至26人。1980年药检所由原址迁至现址。1994年随南阳撒地设市改称为“南阳市药品检验所”，1997年定编36人，另设市专职药品监督员5人，计列药检所编制。因国家药品监督管理体制的改革，二000年四月十四日，南阳市药检所整体由南阳市卫生局划归南阳市医药管理局领导。二00一年十二月，河南省编委办公室、河南省药品监督管理局以豫编办（2001）134号文件，确定设置南阳市药品监督管理局，同时确定设置南阳市食品药品检验所，为南阳市药品监督管理局管理的事业单位，编制57人。