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DNA亲子鉴定主要通过以下特征来判定

体细胞稳定性：同一个体的血液、口腔细胞、精液以及各器官组织DNA是一致的，并且对同一健康人来说是终生不变的，这是基本的前提。
个体高度特异性：不同个体DNA 分子水平上遗传本质的差异，决定了同一种限制酶消化基因组DNA ，某一个体与另一个体的等位基因片段在数量和长度上是不可能相同的，从而产生具有个体特异性的DNA 。
按孟德尔遗传规律遗传：通过大量的家系调查证明，子代DNA 中所有等位基因带都可以在双亲的DNA中找到，片段的传递符合孟德尔遗传规律。

判定亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离律。按照这一规律，在配子细胞形成时，成对的等位基因彼此分离，分别进入各自的配子细胞。精、卵细胞受精形成子代，孩子的两个基因组一个来自母亲，一个来自父亲；因此同对的等位基因也就是一个来自母亲，一个来自父亲。鉴定结果如果符合该规律，则不排除亲生关系，若不符合，则排除亲生关系（变异情况除外）。在大多数的情况下，母、子关系是已知的，要求鉴定假设父和孩子是否亲生关系。此时首先从母、子基因型的对比中，可以确定孩子基因中可能来自父亲的基因（生父基因，OG）。然后观察假设父亲的基因型，如果不具有生父基因，则可排除假设父与孩子的亲生关系。若假设父也具有生父基因，结果就不能排除假设父的亲生关系，假设某案例中母亲是FGA-22/23型，孩子为22/25型，从比较中可确定生父基因是FGA-25。此案中假设父1为FGA-22/24型；假设父2为24/25型。其中假设父1不具备生父基因25，故可排除他与孩子的亲生关系；相比之下，假设父2因具有FGA-25，不排除与孩子有亲生关系。