大量的研究结果表明，随着高效液相色谱柱使用时间的增加，色谱柱分离效能下降，柱压增高的原因主要是由于色谱柱柱头被污染引起的，而色谱柱整个柱床并未被严重破坏。如果能在色谱柱的前端加一短柱，让所有的污染或破坏均在此发生，就可以达到保护相对较昂贵的色谱柱作用，这就是保护柱的设计初衷，也是保护柱的作用所在。通常情况下，保护柱所装的填料与色谱柱的填料相同或相似，考虑到价格和使用过程中的其它因素，填料的粒度可以稍大；保护柱的作用是保护色谱柱，故其尺寸不是十分重要。