高压均质机的原理如下：未均质的样品先以高压低流速的状态进入均质阀区；换句话说，产品进入了可调整的密闭空间当中，接着样品经过均质阀与阀座之间的狭缝，这时候样品的压力也急速地减低，而样品的流速迅速地增加。此时产生剧烈的能量，而此能量是由扰流现象及不同的压力差所以引起，此能量便会将固体粒广撕碎。之后，均质过的样品会再撞击冲击环，减弱能量之后进入样品收集槽。