设备运行时首先由微波发生器发生微波，经馈能装置输入微波加热器中；物料由传输系统送至加热器中，此时物料中的水分在微波能的作用下升温蒸发，水蒸气通过抽湿系统排除而达到干燥的目的。物料中的细菌则被微波电磁场作用下所产生的生物效应和热效应杀灭。由于微波是直接作用于物料，所以干燥温度低、速度快，药物中的有效成份的损失很小。