上海中山医院呼吸科学科设有门诊胸部疾病诊断中心（包括7个专科门诊）、普通门诊和呼吸普通病房、呼吸老年病房、呼吸重症监护病房、肺部肿瘤综合诊疗中心；有四个专业实验室，分别是肺功能、临床微生物、细胞及分子生物学和生物物理实验室。此外，还兼管上海市呼吸内科临床质控中心和上海市院内感染质控中心。开展的医疗新技术有介入性纤支镜、肺部肿瘤综合诊疗、肺部感染诊断和鉴别诊断、呼吸衰竭治疗新技术、全麻密闭加压氧分侧肺盥洗术以及胸肺介入技术和胸腔镜等，经常派出专家参加上海和各省市的疑难病例会诊，并经常受邀请参加国内外的学术讲座和报告。

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