两项包括了80多名婴儿的新的研究共同给出了一幅更清晰的画面，即抗生素如何能与出生模式和饮食一起破坏肠道微生物组的发育。在出生头几年中反复使用抗生素的孩子不但显示出其微生物多元性降低，而且还会在治疗后，在其微生物中暂时性地含有抗生素的耐药基因。需要做进一步的研究来探索肠道微生物组在受到这些干扰后会有什么长期后果，先前的研究将肠道微生物组与以后的肥胖症、糖尿病、哮喘和过敏挂钩。住在我们肠道内的微生物群落在调控机体代谢和免疫防御中起着关键作用。然而，肠道微生物组在幼儿期如何发育还不完全清楚。更少了解的是，婴儿微生物组如何因应环境受到干扰及如何恢复，这些干扰因素包括抗生素治疗、剖腹产而不是阴道分娩及喂配方奶而非母乳。在世界大部分地区，给儿童用抗生素治疗已成常规，美国孩子在2岁时平均有过3个疗程的抗生素治疗。为了更多了解可能的后果，Nicholas Bokulich和同事对43名美国婴儿在出生后的微生物群发育进行了2年的追踪，收集了他们的粪便样本及他们母亲在出生前后的粪便样本。他们发现，抗生素、剖腹产和喂配方奶都会延迟婴儿的微生物组发育并减少其细菌的多元性。婴儿母亲自己的微生物群可能也会影响婴儿微生物群的健康发育；母亲的微生物群已知会在婴儿经过产道时、在母乳喂养时及通过皮肤接触而植入到婴儿的肠道内。

在第二项研究中，Moran Yassour和同事在3年时间内采集了39个儿童的粪便样本，他们的分析还发现，反复的抗生素治疗降低了肠道微生物的多元性，甚或导致抗药基因的短暂增加。在出生的头几个月中，所有剖腹产婴儿及始料未及的约20%的阴道分娩的婴儿都缺乏拟杆菌，这是一种已知对调控肠道免疫有帮助的细菌；这表明出生模式和其它因子能强力影响肠道细菌的多元性。在品种和菌株层面，用过抗菌素孩子的微生物群多元性和稳定性都有所下降。此外，研究人员发现，在抗生素治疗后，抗菌素耐药基因的丰度会快速达到巅峰，接着会发生剧降。有趣的是，因为不完全了解的原因，某些年龄幼小到只有2个月大的婴儿也会有抗生素耐药基因，即使他们没有接触过任何抗生素。尤其是鉴于给婴幼儿常规使用抗生素导致其耐药基因扩散所带来的威胁，作者Yassour和Ramnik Xavier在相关的音频档案中重点讲述了这些结果对公共卫生的意义