自从 20 世纪初以来，现有真菌类群的演化时间都可以被测算。这要归功于 DNA 测序为基础的分子钟分析方法的建立，及作为演化时间校订点的真菌化石的发现（如 1997 年在多米尼加发现了 9 千万年前的琥珀中保存完整的蘑菇化石；在加拿大温哥华发现了距今 1 亿 1 千 3 百万年前的刺革菌化石等）。近期，中国科学院微生物研究所赵瑞琳课题组首次把真菌的演化时间应用于确定分类等级（界门纲目科属）和分类系统重建工作中，制定了演化时间作为确定分类等级的一个新标准，在划分单系类群的分类等级时，相同分类等级的演化时间应大体一致，高分类等级的演化时间要早于低分类等级的原则。

该研究思路首先是在种类及进化支序繁多的蘑菇属（Agaricus L.） 上应用，具体工作为：在 700 余世界各地样品初步的系统发育分析的基础上，以两个伞菌纲化石标本为演化时间校订点，通过多基因序列的分子钟分析，确定蘑菇属演化形成于 6 千 6 百万年前；在 3 千万年前形成 6 个单系支序（被命名为亚属）；在 2 千万年前左右，进一步分化出 22 个单系支序（被命名为组）；而其它单系支序由于形成时间明显晚于上述时间，不被划分为任何一个种上分类单元（Zhao et al. Fungal Divers. 78:239-292, 2016；Chen et al. Persoonia38:170-196, 2017），终重建了蘑菇属的世界性分类体系，圆满解决了蘑菇属内大量新进化分支的命名分类难点。

随后，为了进一步验证演化时间在更高分类等级上的应用，对真菌中的一个主要类群担子菌门（是大型真菌如蘑菇等的主要构成，也包括微小的锈菌、黑粉菌等，成员大致占真菌总数的 30%）以相同的研究思路开展了研究。研究人员首先集结近十年来担子菌门的新进展，分别构建了担子菌门 6 个基因的系统发育图谱（图 1，分析样品包括门内所有 18 纲，3 亚纲和几乎所有目 62 目，183 科，392 属，共 539 个种），及基于 396 个直系同源基因的系统发育图谱（图 2，17 纲，54 目，共 116 个种）。随后的分子钟分析表明担子菌门演化形成于 5 亿 3 千万年前，担子菌门中 4 个亚门的演化时间为 4 亿－4 亿 9 千万年前；对于具有大型子实体的伞菌纲的演化时间范围分别为 3 亿 4 千万－3 亿 9 千万年前；具有较小子实体的锈菌亚门和黑粉菌亚门中纲的演化时间范围分别为 2 亿 4 千万－3 亿 4 千万年前；担子菌门中各个目的演化时间为 1 亿 2 千万－2 亿 9 千万年前（图 3）。因此建议把这些演化时间作为建立担子菌门中目及目以上分类等级的一个依据。借助于演化时间这一新标准，还新认定一个亚门 Wallemiomycotina；发现 1 个目由于过于年轻的演化时间建议废除；2 个科由于具有古老演化时间，分别正式提升为 2 个目（Zhao et al. Fungal Divers 84:43-74，2017）。

该课题组的研究表明演化时间可以成为划分真菌分类等级的一个新标准，而且给出了担子菌门划分亚门、纲、亚纲和目的演化时间范围标准。此研究方法为解决大量发现的新进化支序的合理分类问题，制定更客观和稳定的分类系统提供新的依据，目前已在其它类群（如子囊菌门、表生真菌等）的系统学研究中采用。